Le Secrétariat du CADEBE est établi conformément à l'article 40 de la Charte africaine des droits et du bien-être de l'enfant. Conformément à la règle 14 du Règlement intérieur révisé, le Secrétariat du CADEBE est composé du Secrétaire et de tout autre personnel professionnel, technique ou administratif dont le CADEBE peut avoir besoin pour l'exercice efficace de ses fonctions. Dans le cadre de son mandat général, le Secrétariat coordonne les travaux du CADEBE, maintient des liens efficaces entre le Comité et les États membres, assure un partenariat efficace entre le Comité et les parties prenantes, et mobilise des ressources tout en sensibilisant aux activités du Comité. Conformément à la règle 16 du Règlement intérieur révisé, les fonctions du Secrétariat comprennent notamment :
fournir au Comité l'appui technique et logistique nécessaire à son bon fonctionnement ;
préparer les documents, rapports et déclarations du Comité, traiter la correspondance, les pétitions et les communications adressées au Comité ;
solliciter des informations pertinentes auprès des parties intéressées, et
exécuter toute autre tâche technique ou administrative qui lui est confiée par le Comité. Le chef du Secrétariat est le Secrétaire exécutif, chargé de la coordination générale des travaux du CADEBE. Actuellement, le Dr Ayalew Getachew Assefa assure cette fonction en tant que Secrétaire exécutif par intérim.

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